La CNSS, à sa création, était régie par l’ordonnance N° 39/73 du 12 novembre 1973. Ce texte faisait d’elle un établissement public doté de la personnalité civile et de l’autonomie financière. Depuis le 29 novembre 2001, la CNSS est transformée, par la loi n° 2001-016, en un établissement de droit privé d’utilité publique placé sous le contrôle de l’État .
L’organigramme de la CNSS est structuré en Départements, Divisions, Services et Sections.
En plus du Conseil d’Administration et de la Direction Générale, l’institution compte :
- un Département financier et comptable,
- un Département administratif et Gestion des Carrières,
- un Département du Patrimoine et des Ressources immobilières,
- un Département de l’Audit interne, de l’Inspection et du Contrôle des Employeurs,
- un Département du Recouvrement et de l’Immatriculation,
- un Département des prestations,
- un Département de la Coordination des Divisions Régionales et
- un Département de l’Informatique et de l’Organisation des Systèmes.