La CNSS, à sa création, était régie par l’ordonnance N° 39/73 du 12 novembre 1973. Ce texte faisait d’elle un établissement public doté de la personnalité civile et de l’autonomie financière. Depuis le 29 novembre 2001, la CNSS est transformée, par la loi n° 2001-016, en un établissement de droit privé d’utilité publique placé sous le contrôle de l’État.
L’organigramme de la CNSS est structuré en Départements, Divisions, Services et Sections. En plus du Conseil d’Administration et de la Direction Générale, l’institution compte les départements suivants :
- Département du Recouvrement et de l’Immatriculation (DRI)
- Département des Prestations Techniques (DPT)
- Département de l'Assurance Maladie Universelle (DAMU)
- Département Financier et Comptable (DFC)
- Département Administratif et Gestion des Carrières et du Patrimoine (DAGCP)
- Département de l’Audit interne, de l’Inspection et du Contrôle des Employeurs (DAIICE),
- Département des Systèmes d'Informations (DSI)
- Département du Patrimoine et des Ressources immobilières (DPRI)
- Département de la Coordination des Divisions Régionales (DCDR)
